כאשר הממברנה מאוחסנת לאורך זמן, היא חייבת לשמור על ביצועים טובים ובעל ערך שימוש, ולכן אורך החיים של הממברנה העמיד למים והנושם הוא נושא חשוב. לכן, יש להקדיש תשומת לב מיוחדת לאחסון בפועל. השימור של קרום המיקרופילטרציה העמיד למים והנושם מתחלק לשתי שיטות: שימור רטוב ושימור יבש. כך או כך, המטרה היא למנוע הידרוליזה של הממברנה, למנוע גדילה ושחיקה של מיקרואורגניזמים, התכווצות ועיוות של הממברנה.
המפתח לשימור רטוב הוא תמיד להפוך את משטח הממברנה מחובר בנוזל שימור, במצב לח. ניתן להשתמש בנוסחה הבאה לתמיסת השימור: מים: גליצרין: פורמלדהיד {{0}}.5: 20: 0.5. תפקידו של פורמלדהיד הוא למנוע צמיחה ורבייה של מיקרואורגניזמים על פני הממברנה ולמנוע שחיקה של הממברנה. מטרת הוספת גליצרין היא להפחית את נקודת הקיפאון של תמיסת השימור ולמנוע פגיעה בקרום בהקפאה. ניתן להחליף את הפורמלדהיד בפורמולה גם בקוטלי פטריות אחרים כמו נחושת גופרתית שאינם מזיקים לממברנה. טמפרטורת האחסון של ממברנת אצטט תאית היא 5-40 מעלות ו-pH=4.5~5, בעוד שטמפרטורת האחסון וה-pH של ממברנת אצטט שאינה תאית יכולים להיות רחבים יותר.